– أصدر الانقلاب القرار بقانون رقم 136 لسنة 2014، والخاص بحماية المُنشآت العامة والحيوية، ونقل تبعية الجرائم التي تتعلق بها إلى القضاء العسكري.
– بلغ عدد من أُحيل من المدنيين إلى محاكمات عسكرية من 2014 حتى 2017 في مصر: 7513مدنيا، منهم: عام 2014: 857،وعام 2015: 1750،وعام 2016: 3037، وعام 2017: 1869 مدنيا.

صدرت ضدهم مئات الأحكام بالسجن وأخرى بالإعدام.
ومن القضايا العسكرية التي حكم فيها بالإعدام:

أ‌- عرب شركس:
فى 17 مايو/آيار 2015 نُفذ حكم الإعدام شنقًا، الصادر من المحكمة العسكرية على ستة من المواطنين المدنيين المصريين، في القضية رقم 43 لسنة 2014 العسكرية، والمعروفة إعلاميًا بـ “عرب شركس”، في وقتٍ أثبت فيه دفاع المتهمين أنهم كانوا رهن الاحتجاز التعسفي قبل ارتكاب الجريمة.

ب‌- ستاد كفر الشيخ الرياضي:
وبتاريخ 2 مارس 2016 أصدرت المحكمة العسكرية بالأسكندرية حكمًا بالإعدام على أربعة من المواطنين المصريين “حضوريًا” بخلاف ثلاثة “غيابيًا”، في القضية رقم
325 لسنة 2015 الإسكندرية العسكرية، والمعروفة إعلاميًا بـ “ستاد كفر الشيخ الرياضي”، وتم تنفيذ الإعدام في 2 يناير 2018م.

ت‌- العمليات المتقدمة:
وبتاريخ 29 مايو/آيار 2016، أصدرت المحكمة العسكرية بغرب القاهرة حكمًا بالإعدام على ثمانٍ من المواطنين المدنيين المصريين، في القضية المعروفة إعلاميًا بـ “174 عسكرية – العمليات المُتقدمة”، استنادًا إلى شاهد الإثبات الوحيد، وهو أحد ضباط القوات المسلحة، واعترافات انتُزعت تحت التعذيب من المتهمين، في ظل محاكمة غابت عنها المعايير الدولية للمحاكمات العادلة.

ث‌- أحداث سيناء:
وبتاريخ 13 نوفمبر2017، صدر حكمًا بالإعدام من محكمة الإسماعيلية العسكرية، ضد 15 مواطنًا مصريًا، في القضية رقم 411 لسنة 2013، والمعروفة إعلاميًا “أحداث سيناء”، ونفذ الحكم يوم 26 ديسمبر 2017م.